En principio, el Tribunal dijo que, aunque el derecho a la objeción de conciencia no esté explícitamente reconocido, este existe y puede ser ejercido con independencia de que se haya dictado o no tal regulación, por tanto al emitir su fallo analizó dos cuestiones: Si el derecho a la objeción de conciencia ante el aborto reconocido a los médicos es también aplicable a los farmacéuticos y si la negativa del farmacéutico entra en colisión con el derecho de la mujer a la salud sexual y reproductiva.

Al final, los magistrados consideraron que pese a las diferencias que existen entre la participación de los médicos en la interrupción voluntaria del embarazo y la dispensación, por parte de un farmacéutico del medicamento conocido como píldora del día siguiente, el Pleno considera que existe un paralelismo entre el conflicto de conciencia del demandante y el que afecta a los facultativos y ello porque, explica la sentencia, en determinados supuestos, la píldora del día siguiente podría causar en las mujeres embarazadas un efecto que choca con la concepción que profesa el demandante sobre el derecho a la vida.

La objeción de conciencia, se produce cuando se da una contradicción concreta entre un deber jurídico y un deber moral, esta puede conducir a dos caminos, ya sea la desobediencia de la norma legal o al ejercicio de un derecho, dependiendo de que el ordenamiento jurídico la asuma.

En aquellos casos en que el incumplimiento de este deber general por motivos de conciencia está permitido, la objeción de conciencia deja de consistir en la desobediencia de la ley y pasa a convertirse en el legítimo ejercicio de un derecho.

La legalización de ciertos supuestos de objeción de conciencia implica, como afirma el Doctor José Chavez-Fernández, integrar "lo moral en lo jurídico, en este caso la objeción deja de ser una conducta ilegal para convertirse en un mecanismo jurídico que permite conciliar la obligación jurídica con la obligación moral”.

En diálogo con el Doctor José Chávez-Fernández Postigo, explicó que el Tribunal Constitucional peruano emitió importantes sentencias al respecto: “La objeción de conciencia en nuestro país, ha sido respaldada jurídicamente, es decir hay libertad de conciencia, cada persona puede actuar según su conciencia y ¿qué es conciencia?, no hay una definición constitucional tipificada, pero la definición filosófica y ontológica, es que es el juicio particular que uno hace en la aplicación de la ley natural en un caso específico; la conciencia es ese juicio inmediato-practico que hace la razón natural frente a un acto en concreto, por este juicio haces o dejas de hacer, por eso nadie está obligado a actuar en contra de sus convicciones morales”.

Así mismo acotó: “En el Perú, se ha tutelado que existe un derecho general de conciencia que en otros países no existe y que se entiende por general, que uno frente a todas las leyes tiene ese ejercicio del derecho lo que pasa es que no está regulado, solo funciona a posteriori”.

Cabe resaltar que el mecanismo de la objeción de conciencia se vincula tanto a convicciones éticas, morales, humanitarias, filosóficas, religiosas u otras de la misma naturaleza, quien la aduzca deberá correr con la carga probatoria de la existencia de la misma; hoy muchos aspectos de este tema permanecen aún en el tintero, sin embargo este tipo de jurisprudencia se presenta como una propuesta para la discusión y una reflexión inicial que lleve a considerar la posibilidad del ejercicio de este derecho, por aquellas personas que crean afectada su conciencia por algún imperativo jurídico o algún mandato de la autoridad.